应用bibliometrix包进行文献计量学(1)

文献计量学将科学的主要工具——定量分析——转向自身。本质上，文献计量学是定量分析和统计对期刊文章及其附带引用数量等出版物的应用。对出版物和引用数据的定量评估现在几乎用于所有科学领域，以评估科学社区的成长、成熟度、主要作者、概念和知识图谱、趋势。

biblometrix包提供了一套用于文献计量学和科学计量学定量研究的工具，它在三个关键的分析阶段为我们提供必要的支持：

• 数据导入和转换为R格式。
• 出版数据集的文献计量分析。
• 为共同引用、耦合、协作和共词分析构建矩阵。

矩阵是执行网络分析、多重对应分析和任何其他数据缩减技术的输入数据。

1 bibliometrix使用的文献数据库

Biblometrix从以下四个主要文献数据库中提取的数据： * SCOPUS成立于2004年，为文献计量用户提供了很大的灵活性。它允许查询不同的字段，如标题、摘要、关键字、参考文献等。SCOPUS允许相对容易地下载数据查询，尽管对超过2000个项目的非常大的结果集有一些限制。 * Clarivate Analytics由Clarivate Analytics拥有，由文献计量学的先驱之一Eugene Garfield创立。该平台包括许多不同的集合。 - Cochrane系统评价数据库是医疗保健系统评价的主要资源。 - CDSR包括Cochrane评价（系统评价）和Cochrane评价协议以及社论。CDSR也有偶尔的补充。CDSR定期更新，并且每年发布两次更新。CDSR的内容由Cochrane协作网的成员创建和维护。 * PubMed对MEDLINE、生命科学期刊和在线书籍的生物医学文献的引用超过2800万次。引用可能包括来自PubMed Central和出版商网站的全文内容链接。

2 数据采集、导入和转换

文献数据可以通过按主题、作者、期刊、时间跨度等不同领域查询SCOPUS或Clarivate Analytics Web of Science（WoS）数据库来获得。 这篇博文展示了如何下载数据，查询手稿标题字段中的术语。

以species distribution model* fish为例

library(bibliometrix)
library(tidyverse)

paths <- list.files(
  "d:/Myblog/datas/bibtext/",
  pattern = "[.]txt$",
  full.names = TRUE
)

df_raw <- convert2df(file = paths, dbsource = "isi", format = "plaintext") # 导入数据

Converting your isi collection into a bibliographic dataframe

Done!


Generating affiliation field tag AU_UN from C1:  Done!

3 文献计量分析

results <- bibliometrix::biblioAnalysis(df_raw, sep = ";") # 对文献数据进行计量统计
plot(x = results, k = 10, pause = FALSE) # 文献计量分析